Os melhores filmes de família de Katsuyuki Konishi

Há 40 anos um poderoso pokémon, Celebi, escapou por pouco de um caçador especializado em capturar e vender pokémons raros. Juntamente com Sammy, um garoto, Celebi usou seus poderes para viajar no tempo e escapar da ameaça. Já no presente Sammy encontra Ash, Pikachu e seus amigos, a quem pede ajuda já que Celebi está esgotado pelo esforço feito pela viagem. Entretanto o grupo terá que enfrentar um poderoso vilão, que possui uma pokébola capaz de transformar os pokémons capturados em criaturas malignas e poderosas.

Ash e seus amigos visitam a cidade de Crown para assistir a Pokémon Backer World Cup. Durante sua viagem, eles encontram um Pokémon chamado Zorua, que procura pelo seu companheiro. Eles decidem ajudá-lo, mas um Pokémon chamado Zoroark - O Governante da Ilusão - está a transformar-se em Raikou, Entei e Suicune e a destruir a cidade de Crown. Além disso, Celebi retorna após 20 anos e fica em sarilhos. O que está a acontecer na cidade de Crown? O que poderia ser o "Governante da Ilusão", Zoroark? E Celebi? Ash e Cia conseguirão salvar a cidade e o Pokémon?"

A história começa quando o Pokémon Ranger Jackie é mandado para encontrar informações sobre Manaphy. Ele consegue pegar o "ovo" de volta, que está Manaphy (não era para ser um Phione?). Ash e cia chegam em uma cidade, e sem saber, se encontram com Jackie. May desconfia que tem algo estranho naquela "casa", e assim, descobre Manaphy. May fica sendo uma mãe para Manaphy, mas será que ela seguirá a sua jornada com seu novo companheiro? Lembre Phione não evolui para Manaphy Phione é um Resultado de um Cruzamento (Breeding). May liga-se a Manaphy no filme, agindo como "mãe" do pequeno pokemon.

Ash, treinador de pokémons, e seus companheiros têm a difícil tarefa de restaurar o equilíbrio das forças naturais na Terra para impedir que uma grande catástrofe aconteça. Para isso, precisam recuperar três pokémons que estão nas mãos de vilão.

Um meteorito misterioso é arremessado em direção à terra. Durante a sua entrada na atmosfera, quase fere Rayquaza, um guardião do céu e os mais fortes do dragão no mundo. O meteorito cai em uma zona polar, revelando dois objetos em forma de ovo. O ovo roxo regenera em um Deoxys e pega o ovo verde. Rayquaza desce da camada de ozônio para combater o invasor. Uma batalha acontece, destruindo um site de pesquisa nas proximidades e traumatizando Tory, filho do Profº Lund. Deoxys perde a luta para Rayquaza. Deoxys remonta a forma de ovo e cai no mar, enquanto alguns pesquisadores levam o ovo verde com eles. Sob o mar, o Deoxys ferido, regenera e espera.

A história do filme começa muitos anos antes, quando uma terrível guerra entre humanos e Pokémon que estava ocorrendo e Aaron, um valente guerreiro, junto ao seu Lucario resolvem dar um fim nisso tudo e trazer a paz novamente ao mundo. Aaron acredita que indo até a Árvore da Origem e usando seu poder, tudo poderá ter fim, mas o caminho até a tal árvore é complicado e perigoso. Pensando nisso, Aaron decide selar Lucario em seu cetro, mesmo que o Pokémon não concordasse com isso. Logo em seguida, ele sobe em seu Pidgeot ruma à Árvore da Origem e coloca um fim na guerra. De volta ao presente, o povoado do qual Aaron e Lucario vivam estão comemorando um festival em homenagem aos dois heróis. Como parte do festival, existe um torneio de batalhas Pokémon onde o campeão será o representante de Aaron durante o festival.