Os melhores filmes de ação de Jun Fukushima

A história do filme começa muitos anos antes, quando uma terrível guerra entre humanos e Pokémon que estava ocorrendo e Aaron, um valente guerreiro, junto ao seu Lucario resolvem dar um fim nisso tudo e trazer a paz novamente ao mundo. Aaron acredita que indo até a Árvore da Origem e usando seu poder, tudo poderá ter fim, mas o caminho até a tal árvore é complicado e perigoso. Pensando nisso, Aaron decide selar Lucario em seu cetro, mesmo que o Pokémon não concordasse com isso. Logo em seguida, ele sobe em seu Pidgeot ruma à Árvore da Origem e coloca um fim na guerra. De volta ao presente, o povoado do qual Aaron e Lucario vivam estão comemorando um festival em homenagem aos dois heróis. Como parte do festival, existe um torneio de batalhas Pokémon onde o campeão será o representante de Aaron durante o festival.

Em 1926, Tanya e seu pelotão voltam para casa após derrotar os remanescentes do exército republicano. No entanto, quando chegam, recebem notícias de uma mobilização maciça perto da fronteira com a Federação Russa, então o exército do Império deve se mobilizar. Outro exército multinacional sob a liderança dos Aliados se une a Federação Russa. O inimigo do meu inimigo é meu amigo, mas no exercito dos Aliados está Mary Sioux, uma garota que jurou exigir justiça contra o Império pela morte de seu pai.

Agora que o Intercolegial acabou e o fim do verão está se aproximando, Sakamichi treina intensamente com Shunsuke Imaizumi e Shoukichi Naruko para seguir adiante com o espírito de cooperação do Time Sohoku, que lhes foi confiado por Shingo Kinjou, Yusuke Makishima e Jin Tadokoro, os terceiranistas prestes a se formar. É então que o Time Sohoku é convidado à Prova de Ciclismo em Montanha de Kumamoto, uma corrida que reúne os times que se saíram melhor no Intercolegial, e Kinjou decide que irá participar com a equipe que disputou o Intercolegial. Ao saber que Sohoku participará, a Academia Hakone também decide participar, embora tenha recusado o convite em outros anos. Os ferozes competidores da Fushimi de Kyoto e do Kureminami de Hiroshima também anunciam sua participação. Além disso, Shin Yoshimoto, que não pôde participar do Intercolegial devido a uma lesão, está recuperado e representará o time local da Kumamoto Daiichi em busca da vitória.

A história é ambientada principalmente no espaço, e revela o segredo das "Luzes Milagrosas", misteriosos itens que aparecem com frequência nos filmes da franquia.